Reformasi 1998 menyentuh berbagai dimensi perubahan struktural, institusional, maupun kultural, yang belum selesai hingga satu dekade kemudian. Salah satu dimensi tersebut menyangkut sektor pertahanan dan keamanan negara. Sejak 1 April 2001 Polri dipisahkan dari ABRI (kemudian menjadi TNI), sehingga membawa konsekuensi pemisahan fungsi pertahanan (eksternal) dan fungsi keamanan dalam negeri (internal).
Pada lingkungan strategis domestik, rentetan tindak terorisme dan berbagai konflik lainnya telah mendorong perlunya kajian dan perbaikan payung hukum, kebijakan, dan implementasi operasional guna penyempurnaan terus-menerus. Pada lingkungan strategis internasional, titik balik dalam paradigma keamanan internasional terjadi pada peristiwa pengeboman gedung kembar WTC di New York, yang kemudian dikenal sebagai Peristiwa 9/11.
Dinamika perkembangan domestik maupun lingkungan strategis internasional seperti itulah yang menyebabkan rekonstruksi kenegaraan dan kebangsaan di bawah bingkai NKRI harus dilakukan terus-menerus. Sektor pertahanan dan keamanan, sekali lagi, menjadi salah satu isu penting dalam reformasi yang belum selesai ini. Di bawah paradigma perubahan dan implementasi kebijakan sektor pertahanan-keamanan itu muncul wacana dan diskusi mengenai perlu tidaknya UU Keamanan Nasional, atau UU Keamanan Negara, atau pembentukan Dewan Keamanan Nasional, serta isu-isu terkait lainnya.
Pada tataran praksis kebijakan, wacana dan diskusi tersebut muncul pada tahun 2005-1007 dalam bentuk usulan RUU Keamanan Nasional yang diinisiasi oleh Pemerintah c/q Departemen Pertahanan ke DPR. Namun, setelah menimbulkan kontroversi publik mengenai isi draft RUU tersebut, Presiden memutuskan untuk mengendapkan isu ini dan memerintahkan Lemhanas melakukan studi yang komprehensif, serta Menko Polhukam menjadi leading sector penyusunan RUU ini. Pada masa pemerintahan kedua Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, 2009-2014, RUU ini diharapkan dapat dituntaskan dan diundangkan.